在國家鼓勵大眾創(chuàng)業(yè)，萬眾創(chuàng)新的背景之下，《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于將國家自主創(chuàng)新示范區(qū)有關(guān)稅收試點政策推廣到全國范圍實施的通知》（財稅〔2015〕116號，以下簡稱“116號文件”）的出臺給有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的投資者打了一針“強心劑”。根據(jù)116號文件規(guī)定，自2015年10月1日起，全國范圍內(nèi)的有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)采取股權(quán)投資方式投資于未上市的中小高新技術(shù)企業(yè)滿2年（24個月）的，該有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的法人合伙人可按照其對未上市中小高新技術(shù)企業(yè)投資額的70%抵扣該法人合伙人從該有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)分得的應(yīng)納稅所得額，當年不足抵扣的，可以在以后納稅年度結(jié)轉(zhuǎn)抵扣。

在116號文件生效之前，直接投資于未上市中小高新技術(shù)企業(yè)的創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)，可以根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于實施創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)所得稅優(yōu)惠問題的通知》（國稅發(fā)〔2009〕87號，以下簡稱“87號文件”），按照其對中小高新技術(shù)企業(yè)投資額的70%，在股權(quán)持有滿2年的當年抵扣該創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的應(yīng)納稅所得額。由于有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)不具有法人資格，其本身不是企業(yè)所得稅的納稅人，而是采用“先分后稅”方式，由投資者就其按照基金向其實際分配的收益和根據(jù)合伙協(xié)議應(yīng)享有而未分配的收益之和繳納所得稅。因此通過投資有限合伙創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)，從而間接投資未上市中小高新技術(shù)企業(yè)的法人企業(yè)不能享受87號文件的稅收優(yōu)惠，唯一的例外是中關(guān)村國家自主創(chuàng)新示范區(qū)內(nèi)的有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)。

向未上市中小高新技術(shù)企業(yè)進行股權(quán)投資需要的資金額度高，風險大，且需要高度專業(yè)判斷，因此由數(shù)家投資企業(yè)和專業(yè)投資機構(gòu)組成有限合伙進行間接股權(quán)投資的方式普遍受到投資者青睞，采取這種方式，投資者作為有限合伙人承擔較小的風險，而且普通合伙人都是專業(yè)投資機構(gòu)，可以對投資對象進行專業(yè)的評估和監(jiān)督。但是87號文件規(guī)定的稅收優(yōu)惠造成了不同投資方式的不同稅收待遇，這種狀況對有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)顯然是不公平的，有違稅收中性原則，不利于有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的發(fā)展，進而束縛了企業(yè)間接投資中小高新技術(shù)企業(yè)的積極性。

例如，甲企業(yè)占有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)乙的出資份額為40%，乙對未上市中小高新技術(shù)企業(yè)丙滿2年的股權(quán)投資額為1000萬元，在116號文件生效之前，由于乙不是企業(yè)所得稅納稅人，而甲又不符合87號文件關(guān)于“直接投資”的條件，甲和乙均不能享受抵扣應(yīng)納稅所得額的稅收優(yōu)惠。

在116號文件生效之后，通過有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)進行間接投資的法人企業(yè)也可以享受以投資額抵扣應(yīng)納稅所得額的稅收優(yōu)惠，基本消除了直接投資和間接投資的稅收待遇差別。承上例，在116號文件生效后，有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)乙企業(yè)對丙的1000萬元投資中歸屬于甲的部分=1000×40%=400萬元。這部分的70%，即280萬元可用于抵扣甲從乙分得的應(yīng)納稅所得額。

需要注意的是，116號文中有限合伙的法人合伙人享受的稅收優(yōu)惠，與直接投資中小高新技術(shù)企業(yè)的法人企業(yè)相比仍然受到限制，因為后者可以按投資額的70%抵扣其全部應(yīng)納稅所得額，而前者只能抵扣從該合伙企業(yè)分得的應(yīng)納稅所得額。如果該合伙企業(yè)在股權(quán)投資未上市中小高新技術(shù)企業(yè)滿2年的當年，分配給法人合伙人的所得和該法人合伙人按其占有限合伙制創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的出資比例應(yīng)分得的合伙企業(yè)留存收益之和少于股權(quán)投資額的70%，則需要結(jié)轉(zhuǎn)以后年度抵扣。

例如，甲企業(yè)對未上市中小高新技術(shù)企業(yè)滿2年的直接股權(quán)投資額為400萬元，則可以抵扣應(yīng)納稅所得額相當于投資額的70%，即280萬元，如果甲企業(yè)當年的應(yīng)納稅所得額為300萬元，則抵扣后應(yīng)納稅所得額為20萬元。

如果甲企業(yè)是通過有限合伙間接投資于未上市中小高新技術(shù)企業(yè)，且歸屬于甲的投資額仍為400萬元，可以抵扣應(yīng)納稅所得額仍為280萬元。如果甲企業(yè)當年的應(yīng)納稅所得額為300萬元，但是從有限合伙分得的應(yīng)納稅所得額為180萬元，則甲只能抵扣從有限合伙分得的部分。抵扣后甲的應(yīng)納稅所得額=300-180=120萬元。當年抵扣后仍有100萬余額，需留待以后年度從來自該有限合伙的應(yīng)納稅所得額中抵扣。