一、全部是獨(dú)資企業(yè)應(yīng)納稅額的計(jì)算方法。

　　所辦企業(yè)全部是獨(dú)資的，應(yīng)分別向各企業(yè)的實(shí)際經(jīng)營(yíng)管理所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理年度所得稅匯算清繳，其匯算清繳稅款的計(jì)算方法是：首先匯總所有企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)所得作為應(yīng)納稅所得額，然后以此確定適用稅率計(jì)算出全年所有企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)所得應(yīng)納個(gè)人所得稅稅額，再根據(jù)每個(gè)企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)所得占所有企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)所得的比例計(jì)算出每個(gè)企業(yè)的應(yīng)納個(gè)人所得稅稅額和匯算清繳應(yīng)補(bǔ)繳的稅額。

　　例如：居民甲依照《中華人民共和國(guó)個(gè)人獨(dú)資企業(yè)法》投資興辦了A、B、C三家個(gè)人獨(dú)資企業(yè)，2010年實(shí)現(xiàn)的應(yīng)納稅所得額分別為5萬(wàn)元、10萬(wàn)元和15萬(wàn)元，1—11月份預(yù)繳的個(gè)人所得稅分別為2萬(wàn)元、3.2萬(wàn)元和3.3萬(wàn)元。其年度匯算清繳時(shí)三個(gè)企業(yè)各自應(yīng)補(bǔ)繳的個(gè)人所得稅為：

　　三個(gè)企業(yè)的年度應(yīng)納稅所得額＝5＋10＋15＝30萬(wàn)元。

　　應(yīng)納稅額＝30×35%—0.675＝9.825萬(wàn)元。

　　三個(gè)企業(yè)年度各自應(yīng)納個(gè)人所得稅稅額分別為：

　　A企業(yè)應(yīng)納稅額＝9.825×5÷30＝1.6375萬(wàn)元。

　　B企業(yè)應(yīng)納稅額＝9.825×10÷30＝3.275萬(wàn)元。

　　C企業(yè)應(yīng)納稅額＝9.825×15÷30＝4.9125萬(wàn)元。

　　三個(gè)企業(yè)各自應(yīng)補(bǔ)繳的稅額為：

　　A企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳的稅額＝1.6375－2＝－0.3625萬(wàn)元，即應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)退還個(gè)人所得稅0.3625萬(wàn)元。

　　B企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳的稅額＝3.275－3.2＝0.075萬(wàn)元。

　　C企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳的稅額＝4.9125－3.3＝1.6125萬(wàn)元。

　　二、獨(dú)資、合伙兼有應(yīng)納稅額的計(jì)算方法。

　　在所有投資興辦的企業(yè)中，如果既有獨(dú)資、又有合伙企業(yè)（依據(jù)《中華人民共和國(guó)合伙企業(yè)法》登記成立合伙企業(yè)，下同），根據(jù)財(cái)稅[2000]91號(hào)文件附件中年度納稅申報(bào)表的設(shè)計(jì)格式其年度匯算清繳應(yīng)分兩步進(jìn)行：第一步各自應(yīng)先向各自的實(shí)際經(jīng)營(yíng)管理所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理自身的年度所得稅匯算清繳；第二步由其中的合伙企業(yè)向經(jīng)常居住地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理匯總年度所得稅匯算清繳，如果經(jīng)常居住地與其興辦企業(yè)的經(jīng)營(yíng)管理所在地不一致時(shí)，應(yīng)選定其參與興辦的某一合伙企業(yè)的經(jīng)營(yíng)管理所在地為辦理，并在5年內(nèi)不得變更。

　　例如：假定上述居民甲又與居民乙依照《中華人民共和國(guó)合伙企業(yè)法》注冊(cè)興辦了一家合伙企業(yè)，甲投資3萬(wàn)元，乙投資7萬(wàn)元，各自的應(yīng)納稅所得額按投資比例確定。2011年1月份在預(yù)繳2010年12月份個(gè)人所得稅時(shí)該企業(yè)預(yù)計(jì)全年應(yīng)納稅所得額為12萬(wàn)元，甲已預(yù)繳稅款0.665萬(wàn)元，乙已預(yù)繳稅款2.265萬(wàn)元；在匯算清繳時(shí)經(jīng)過(guò)對(duì)各項(xiàng)因素調(diào)整后調(diào)增所得額3萬(wàn)元，其匯算清繳應(yīng)納稅款的計(jì)算方法如下：

　　1、四個(gè)企業(yè)各自匯算應(yīng)補(bǔ)繳的個(gè)人所得稅。

　　A企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳稅額＝5×30%－0.425－2＝－0.925萬(wàn)元。

　　B企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳稅額＝10×35%－0.675－3.2＝－0.375萬(wàn)元

　　C企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳稅額＝15×35%－0.675－3.3＝1.275萬(wàn)元。

　　合伙企業(yè)中居民甲應(yīng)補(bǔ)繳稅額＝（12＋3）÷10×3×30%―0.425―0.665＝0.26萬(wàn)元。

　　2、四個(gè)企業(yè)匯總申報(bào)居民甲應(yīng)補(bǔ)繳納的個(gè)人所得稅。

　　匯總應(yīng)納稅所得額＝5＋10＋15＋（12＋3）÷10×3＝34.5萬(wàn)元。

　　應(yīng)補(bǔ)繳稅額＝34.5×35%－0.675―2―3.2―3.3―0.665―1.275―0.26＋0.925＋0.375＝2萬(wàn)元

　　此外，在對(duì)年度應(yīng)納稅所得額進(jìn)行計(jì)算調(diào)整時(shí)應(yīng)注意兩點(diǎn)：一是依法準(zhǔn)予扣除的投資者個(gè)人費(fèi)用，只能選擇在其中一個(gè)企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)所得中扣除；二是年度經(jīng)營(yíng)虧損不能跨企業(yè)彌補(bǔ)。