根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令2008年第50號）規(guī)定：
　　“第二十二條 條例第十條第（一）項所稱個人消費包括納稅人的交際應酬消費。
　　第二十三條 條例第十條第（一）項和本細則所稱非增值稅應稅項目，是指提供非增值稅應稅勞務、轉讓無形資產、銷售不動產和不動產在建工程。
　　前款所稱不動產是指不能移動或者移動后會引起性質、形狀改變的財產，包括建筑物、構筑物和其他土地附著物。
　　納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，均屬于不動產在建工程。
　　第二十四條 條例第十條第（二）項所稱非正常損失，是指因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失。
　　第二十五條 納稅人自用的應征消費稅的摩托車、汽車、游艇，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣?！?BR>　　貴公司的固定資產遭雷擊導致的損失不屬于《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》所稱非正常損失，如果不屬于應征消費稅的摩托車、汽車、游艇及上述其他不得抵扣進項稅的范圍，其損失固定資產的進項稅是可以抵扣的，不需要做進項稅轉出處理。該資產再修理取得的增值稅專用發(fā)票進項稅，如果不屬于應征消費稅的摩托車、汽車、游艇及上述其他不得抵扣進項稅的范圍，是可以抵扣的。
　　 
　　根據(jù)國家稅務總局關于印發(fā)《企業(yè)資產損失稅前扣除管理辦法》的通知（國稅發(fā)[2009]88號）規(guī)定：
　　“第五條 企業(yè)實際發(fā)生的資產損失按稅務管理方式可分為自行計算扣除的資產損失和須經稅務機關審批后才能扣除的資產損失。
　　下列資產損失，屬于由企業(yè)自行計算扣除的資產損失：
　　（一）企業(yè)在正常經營管理活動中因銷售、轉讓、變賣固定資產、生產性生物資產、存貨發(fā)生的資產損失；
　?。ǘ┢髽I(yè)各項存貨發(fā)生的正常損耗；
　?。ㄈ┢髽I(yè)固定資產達到或超過使用年限而正常報廢清理的損失；
　?。ㄋ模┢髽I(yè)生產性生物資產達到或超過使用年限而正常死亡發(fā)生的資產損失；
　　（五）企業(yè)按照有關規(guī)定通過證券交易場所、銀行間市場買賣債券、股票、基金以及金融衍生產品等發(fā)生的損失；
　?。┢渌泧叶悇湛偩执_認不需經稅務機關審批的其他資產損失。
　　上述以外的資產損失，屬于需經稅務機關審批后才能扣除的資產損失?！?
　　企業(yè)發(fā)生的資產損失，凡無法準確辨別是否屬于自行計算扣除的資產損失，可向稅務機關提出審批申請。
　　“第二十四條 固定資產報廢、毀損損失，其賬面凈值扣除殘值、保險賠償和責任人賠償后的余額部分，依據(jù)下列相關證據(jù)認定損失：
　?。ㄒ唬┢髽I(yè)內部有關部門出具的鑒定證明；
　?。ǘ﹩雾椈蚺拷痤~較小的固定資產報廢、毀損，可由企業(yè)逐項作出說明，并出具內部有關技術部門的技術鑒定證明；
　　單項或批量金額較大的固定資產報廢、毀損，企業(yè)應逐項作出專項說明，并出具專業(yè)技術鑒定機構的鑒定報告，也可以同時附送中介機構的經濟鑒定證明。
　?。ㄈ┳匀粸暮Φ炔豢煽沽υ蛟斐晒潭ㄙY產毀損、報廢的，應當有相關職能部門出具的鑒定報告，如消防部門出具受災證明，公安部門出具的事故現(xiàn)場處理報告、車輛報損證明，房管部門的房屋拆除證明，鍋爐、電梯等安檢部門的檢驗報告等；
　?。ㄋ模┢髽I(yè)固定資產報廢、毀損情況說明及內部核批文件；
　　（五）涉及保險索賠的，應當有保險公司理賠情況說明?！?
　　 
　　根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)資產損失稅前扣除政策的通知》（財稅[2009]57號）規(guī)定：
　　“八、對企業(yè)毀損、報廢的固定資產或存貨，以該固定資產的賬面凈值或存貨的成本減除殘值、保險賠款和責任人賠償后的余額，作為固定資產或存貨毀損、報廢損失在計算應納稅所得額時扣除。
　　十三、企業(yè)對其扣除的各項資產損失，應當提供能夠證明資產損失確屬已實際發(fā)生的合法證據(jù)，包括具有法律效力的外部證據(jù)、具有法定資質的中介機構的經濟鑒證證明、具有法定資質的專業(yè)機構的技術鑒定證明等?！?
　　 
　　根據(jù)上述規(guī)定，貴公司的固定資產遭雷擊導致的損失，按規(guī)定應向稅務機關提供能夠證明資產損失確屬已實際發(fā)生的合法證據(jù)，報送資產損失稅前扣除申請，經審批后以該固定資產的賬面凈值減除殘值、保險賠款和責任人賠償后的余額，作為固定資產毀損損失在計算應納稅所得額時扣除。