首先，《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號(hào)）規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算，對(duì)于分期開發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算。也就是說，土地增值稅是以一個(gè)項(xiàng)目為單位進(jìn)行的清算，對(duì)屬于同一清算單位所發(fā)生的房地產(chǎn)開發(fā)成本費(fèi)用是不得從其他的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目中扣除，對(duì)同一項(xiàng)目也不能作為兩個(gè)清算單位，所以，對(duì)一個(gè)開發(fā)項(xiàng)目清算后，剩余的房產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓不能再單獨(dú)作為一個(gè)清算單位計(jì)算土地增值稅。

　　其次，國稅發(fā)[2006]187號(hào)文件還規(guī)定，在土地增值稅清算時(shí)未轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)，清算后銷售或有償轉(zhuǎn)讓的，納稅人應(yīng)按規(guī)定進(jìn)行土地增值稅的納稅申報(bào)，扣除項(xiàng)目金額按清算時(shí)的單位建筑面積成本費(fèi)用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計(jì)算。單位建筑面積成本費(fèi)用=清算時(shí)的扣除項(xiàng)目總金額÷清算的總建筑面積。土地增值稅清算前期已售部分與清算后期銷售部分，盡管單位建筑面積成本是相同的，但由于先后銷售房屋的房價(jià)不一，一般來說，后期銷售的房高于前期銷售的房屋，而土地增值稅又不是適用比例稅率，而是根據(jù)增值率確定適用不同稅率，即超率累進(jìn)稅率，其稅率為30%、40%、50%、60%不等。土地增值稅本身應(yīng)當(dāng)是在房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目全部竣工、完成銷售后進(jìn)行土地增值稅清算，只不過考慮到等到全部銷售后進(jìn)行土地增值稅清算，不僅跨期時(shí)間長，并且很容易讓納稅人鉆稅收空子，所以，國稅發(fā)[2006]187號(hào)文件作出規(guī)定，對(duì)達(dá)到規(guī)定條件的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算，但未全部銷售之前的土地增值額的計(jì)算是根據(jù)已銷售開發(fā)產(chǎn)品與相應(yīng)的扣除項(xiàng)目確定的，并按已銷售開發(fā)產(chǎn)品確定的適用稅率。雖然已銷售開發(fā)產(chǎn)品的增值額只能代表部分，清算單位實(shí)際實(shí)現(xiàn)的增值額及應(yīng)適用的稅率要等到全部銷售后才能準(zhǔn)確計(jì)算。但是，文件對(duì)土地增值稅清算后再銷售的開發(fā)產(chǎn)品，只能按清算時(shí)確定的單位建筑面積成本費(fèi)用計(jì)算相應(yīng)的扣除項(xiàng)目金額，不重新啟動(dòng)土地增值稅清算。