據(jù)了解，增值稅抵扣憑證主要包括增值稅專用發(fā)票、稅務(wù)機(jī)關(guān)為小規(guī)模納稅人代開的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票、廢舊物資發(fā)票。涉及增值稅抵扣憑證稅收違法案件的協(xié)查是指各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)稽查局在案件檢查過程中，案發(fā)地稽查局將檢查發(fā)現(xiàn)有疑問或者已確定虛開的增值稅抵扣憑證及相關(guān)信息發(fā)送給涉案地稽查局，涉案地稽查局對增值稅抵扣憑證所記載的經(jīng)濟(jì)事項(xiàng)和反映的經(jīng)濟(jì)活動(dòng)進(jìn)行檢查處理、取得相關(guān)證據(jù)并反饋協(xié)查結(jié)果的工作。此次國家稅務(wù)總局對以往有關(guān)稅收違法案件協(xié)查工作的規(guī)范性文件進(jìn)行了修訂和整合，依據(jù)《稅收征管法》及相關(guān)法律法規(guī)，制定了《增值稅抵扣憑證協(xié)查管理辦法》。該辦法指出，協(xié)查工作由稽查局負(fù)責(zé)完成。除另有規(guī)定外，涉案發(fā)票的票面合計(jì)金額在1000萬元以上不滿5000萬元的，由市（州）稽查局組織協(xié)查；票面合計(jì)金額在5000萬元以上不滿1億元的，由省、直轄市、自治區(qū)和計(jì)劃單列市稽查局組織協(xié)查；票面合計(jì)金額在1億元以上的，由國家稅務(wù)總局稽查局組織協(xié)查。

　　《辦法》規(guī)定了委托協(xié)查管理、受托協(xié)查管理、監(jiān)控管理、系統(tǒng)管理、資料管理的具體管理事項(xiàng)。海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書和農(nóng)副產(chǎn)品收購發(fā)票也適用該辦法。