以上政策表述的十分明確，首先是在經(jīng)銷貨方所在地主管稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證并出具《增值稅一般納稅人丟失防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票已抄報稅證明單》的前提下，外貿(mào)企業(yè)才可以憑此申報辦理出口退稅。其次是國稅發(fā)[2002]10號文件中所規(guī)定的發(fā)票丟失前已通過防偽稅控認(rèn)證系統(tǒng)認(rèn)證的，或是發(fā)票丟失前未通過防偽稅控認(rèn)證系統(tǒng)認(rèn)證的，購貨單位憑銷貨單位出具的丟失發(fā)票的存根聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機關(guān)進行認(rèn)證通過的，也可以憑此申報辦理出口退稅。但是，隨著《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號）文件的出臺以及發(fā)票管理使用規(guī)定的日趨完善，有些政策所述條款在當(dāng)前已經(jīng)失效。對此，2010年4月，國家稅務(wù)總局下發(fā)《關(guān)于外貿(mào)企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)出口退稅有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]162號）分為兩類情況進行了明確。

　　一是發(fā)票聯(lián)與抵扣聯(lián)全部丟失時。根據(jù)國稅函[2010]162號文件規(guī)定，對于外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，向主管出口退稅的稅務(wù)機關(guān)申報出口退稅。文件首次明確在丟失已開具增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的情況下，通過認(rèn)證相符記賬聯(lián)可以作為外貿(mào)企業(yè)申報并計算出口退稅的依據(jù)。

　　二是有發(fā)票聯(lián)但抵扣聯(lián)丟失時。根據(jù)國稅函[2010]162號文件規(guī)定，對于外貿(mào)企業(yè)只丟失已開具增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件向主管出口退稅的稅務(wù)機關(guān)申報出口退稅。

　　從以上兩條規(guī)定看出，它與國稅發(fā)[2002]10號規(guī)定使用增值稅專發(fā)票的存根聯(lián)復(fù)印件辦理認(rèn)證手續(xù)是有區(qū)別的。主要是因為國稅發(fā)[2006]156號規(guī)定，增值稅專用發(fā)票由發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)和記賬聯(lián)三聯(lián)構(gòu)成，存根聯(lián)已不再使用。對此，新規(guī)定及時進行了調(diào)整與明確。

　　另外，在辦理此項業(yè)務(wù)時還有兩點需要注意。一是根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》（國稅函[2009]617號）規(guī)定，自2010年1月1日以后，增值稅專用發(fā)票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調(diào)整為180天。那么，外貿(mào)企業(yè)丟失已開具的增值稅專用發(fā)票（抵扣聯(lián)或發(fā)票聯(lián)），如還未認(rèn)證的應(yīng)在規(guī)定期限的180天內(nèi)及時進行認(rèn)證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關(guān)事宜。

　　二是對于各地主管出口退稅的稅務(wù)機關(guān)為了加強出口退稅的管理與審核，在增值稅專用發(fā)票信息比對無誤的情況下，才能按現(xiàn)行出口退稅有關(guān)規(guī)定辦理外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票的出口貨物。