【基本案情】
     某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司（以下稱甲公司）與某投資咨詢有限公司（以下稱乙公司）合作開發(fā)一房地產(chǎn)項目，項目名稱為“玫瑰花園”。

（一）合作協(xié)議內(nèi)容
     玫瑰花園項目是甲公司與乙公司協(xié)議合作開發(fā)的一個房地產(chǎn)項目。甲乙雙方先后簽訂了兩份協(xié)議：《玫瑰花園項目合作開發(fā)協(xié)議書》（簡稱合作開發(fā)協(xié)議）和《玫瑰花園房產(chǎn)分配補(bǔ)充協(xié)議》（簡稱補(bǔ)充協(xié)議）。

甲公司（甲方）與乙公司（乙方）于2010年3月13日簽訂了合作開發(fā)協(xié)議，約定的相關(guān)內(nèi)容為：“甲方提供45.5畝土地，享有25%建筑面積的銷售權(quán)及其收入，并交納其稅費(fèi)；乙方投入開發(fā)建設(shè)資金，享有75%建筑面積的銷售權(quán)及其收入，并交納其稅費(fèi)”?！盀榱吮阌诓僮?，該款土地使用證仍使用甲方的名字”。“乙同意以甲方的名義申報辦理本項目的規(guī)劃、勘察、設(shè)計、報建、消防等手續(xù)。在乙方投入資金并開始建設(shè)后，不能認(rèn)為使用甲方名義辦理項目有關(guān)手續(xù)就視為甲方獨(dú)立擁有該項目，而應(yīng)視為甲乙雙方共同擁有該項目”?！半p方不能將該項目轉(zhuǎn)讓給第三方”?！绊椖坎孔鳛楠?dú)立的會計主體封閉核算。項目部以甲方名義設(shè)立資金共管賬戶，乙方資金按照開發(fā)進(jìn)度分期轉(zhuǎn)入共管賬戶，所有與該地塊有關(guān)的成本費(fèi)用均通過共管賬戶支付，與該地塊有關(guān)的全部房屋銷售價款均匯入共管賬戶”?！凹坠久倒寤▓@項目經(jīng)理部及其下設(shè)的工程部、銷售部、財務(wù)部、法務(wù)部、辦公室等五個部門均由乙方管理，乙方派遣管理人員的薪酬由乙方承擔(dān)?！?

甲公司與乙公司于2010年12月19日簽訂了補(bǔ)充協(xié)議，主要約定了25%和75%建筑面積的具體分配方案，具體到每一套房的歸屬。同時，約定乙方分得的75%建筑面積的房產(chǎn)委托甲方出售，統(tǒng)一以甲方名義辦理房屋預(yù)售證，從事銷售活動，進(jìn)行財務(wù)結(jié)算，交納稅費(fèi)。乙方分得75%建筑面積商品房的銷售價款扣除乙方投入資金、乙方應(yīng)承擔(dān)稅費(fèi)后的凈額歸乙方所有。乙方應(yīng)承擔(dān)的稅費(fèi)及計算方法：按75%建筑面積實(shí)際銷售收入計算營業(yè)稅及附加、印花稅，按銷售收入比例分?jǐn)傇擁椖繎?yīng)納土地增值稅。

（二）實(shí)際調(diào)查操作情況
     地稅部門于2014年8月對甲公司實(shí)際調(diào)查情況如下：根據(jù)玫瑰花園項目經(jīng)理部的售房、財務(wù)等資料，包括玫瑰一區(qū)項目經(jīng)理部記賬憑證、項目經(jīng)理部售房表、項目部預(yù)收賬款明細(xì)分類賬、預(yù)收款記賬憑證、項目經(jīng)理部2014年二季度損益表等資料表明，雙方嚴(yán)格按照合作開發(fā)協(xié)議的約定進(jìn)行操作，即項目由乙公司派遣人員實(shí)際運(yùn)作，項目經(jīng)理部下設(shè)財務(wù)部將其收到的預(yù)售房收入，按房產(chǎn)分配協(xié)議所列，凡歸屬甲方的房產(chǎn)，預(yù)售房款記為“預(yù)收賬款——甲公司”，凡歸屬乙方的房產(chǎn)，預(yù)售房款記為“預(yù)收賬款——乙公司”。雙方售房應(yīng)交稅款分別計提后劃給甲公司申報交稅。2012年度、2013年度的財務(wù)核算均由項目經(jīng)理部下設(shè)財務(wù)部進(jìn)行，沒有與甲公司并賬并表，2014年第二季度甲公司對項目經(jīng)理部的賬目進(jìn)行了并表處理。

雙方在實(shí)際建房、售房過程中，該項目的土地使用權(quán)證、建設(shè)用地規(guī)劃許可證、建筑工程施工許可證、房產(chǎn)預(yù)售證、房屋所有權(quán)證均按協(xié)議的約定辦理在甲公司名下，沒有將土地使用權(quán)、房屋所有權(quán)過戶到乙方，房屋銷售合同均由甲方與購房人簽署，房屋銷售發(fā)票由甲方開具給購房人。

截至2014年6月，該項目已全部銷售完畢。竣工決算，該項目土地成本1000萬元，已發(fā)生的允許扣除的開發(fā)成本13000萬元。甲方分得25%的建筑面積，取得銷售收入6000萬元；乙方分得75%的建筑面積，取得銷售收入17800萬元。乙方在本項目中投入的工程總造價為12000萬元，建筑業(yè)發(fā)票抬頭均開給甲方。該項目全部銷售收入均以甲方名義申報繳納了營業(yè)稅及附加、印花稅，并按規(guī)定的預(yù)征率預(yù)繳了土地增值稅，土地增值稅尚未清算。甲、乙雙方正在結(jié)算期間。

【爭議焦點(diǎn)】
     由于甲乙雙方結(jié)算收益分配涉及到稅費(fèi)計算問題，稅務(wù)機(jī)關(guān)的意見成了結(jié)算的關(guān)鍵。
     （一）營業(yè)稅
     關(guān)于甲方與乙方合作開發(fā)玫瑰花園項目，是否適用《營業(yè)稅問題解答（之一）》（國稅函發(fā)[1995]156號）第十七條第一款規(guī)定的合作建房營業(yè)稅政策，稅務(wù)機(jī)關(guān)內(nèi)部存在兩種處理意見：

第一種意見：從產(chǎn)權(quán)的實(shí)際占有情況看，甲方實(shí)際以75%的土地使用權(quán)為代價，換取了25%房屋的銷售權(quán)和收益權(quán)；乙方以出資建設(shè)房屋25%的建筑面積的銷售權(quán)和收益權(quán)為代價，實(shí)際換取了自己所擁有銷售權(quán)和收益權(quán)的75%的房屋所對應(yīng)的75%的土地的實(shí)際使用權(quán)。結(jié)果是雙方都事實(shí)上擁有了部分房屋的銷售權(quán)、收益權(quán)。這個銷售權(quán)和收益權(quán)再加上協(xié)議中對所建房屋約定的排他性條款，體現(xiàn)了雙方事實(shí)上的占有權(quán)。雙方約定并實(shí)際履行協(xié)議后各自享有的房屋銷售權(quán)和收益權(quán)體現(xiàn)了各方事實(shí)上對房屋的處分權(quán)和收益權(quán)。合作過程前后的土地和房屋實(shí)際占有權(quán)利的變化情況表明：地和房事實(shí)上發(fā)生了有償交換。因此，雙方的合作開發(fā)行為應(yīng)適用國稅函發(fā)[1995]156號文，即對甲方出土地應(yīng)按轉(zhuǎn)讓“無形資產(chǎn)——土地使用權(quán)”繳納營業(yè)稅，對乙方以房換地應(yīng)征收銷售不動產(chǎn)的營業(yè)稅。

第二種意見：從法律產(chǎn)權(quán)手續(xù)看，雙方在實(shí)際建房、售房過程中，沒有將土地由甲方過戶到乙方，房屋所有權(quán)也沒有過戶到乙方，土地使用權(quán)和房屋所有權(quán)一直都在甲方名下。房屋銷售合同也是甲方和購房者簽訂，發(fā)票由甲方開具給購房者，房屋所有權(quán)也由甲方直接過戶給購房者。由此可見，乙方并不擁有土地使用權(quán)，相應(yīng)也沒有房屋的所有權(quán)。因?yàn)楦鶕?jù)現(xiàn)行法律規(guī)定，能夠擁有新建房屋所有權(quán)的單位，必須是擁有土地使用權(quán)的房屋開發(fā)者，而乙方并不擁有土地使用權(quán)，也不是項目的立項人。既然乙方不擁有房屋的所有權(quán)，也不存在乙方以其擁有的部分房屋所有權(quán)與甲方交換部分土地使用權(quán)的行為，因此不符合國稅函發(fā)[1995]156號文第十七條第一款關(guān)于“合作建房第一種方式是純粹的‘以物易物’，即雙方以各自擁有的土地使用權(quán)和房屋所有權(quán)相互交換”的規(guī)定，因此，其行為不屬于合作建房行為，不適用合作建房的征稅規(guī)定。

（二）土地增值稅
     關(guān)于乙方是否為土地增值稅納稅人，存在兩種意見：

第一種意見：甲方、乙方雙方分別擁有25%、75%建筑面積的房產(chǎn)，因此甲方、乙方均是土地增值稅納稅人，土地增值稅應(yīng)由甲、乙雙方分別繳納。

第二種意見：房產(chǎn)所有權(quán)全部歸甲方所有，甲方是唯一的土地增值稅納稅人，該項目土地增值稅全部由甲方繳納。至于雙方結(jié)算收益分配時，土地增值稅如何分?jǐn)偸羌?、乙公司?nèi)部結(jié)算事宜，稅務(wù)機(jī)關(guān)不予干涉。

（三）企業(yè)所得稅
     甲方支付給乙方的收益，乙方是否向甲方出具發(fā)票，甲方在計算土地增值稅、企業(yè)所得稅時能否在在稅前扣除，也存在兩種意見：

第一種意見：乙方不是甲方股東，且雙方約定乙方承擔(dān)的稅費(fèi)僅限于營業(yè)稅及附加、印花稅和土地增值稅，說明雙方約定在稅前分配利潤，企業(yè)所得稅由各自繳納，因此乙方應(yīng)向甲方提供發(fā)票，甲方在計算企業(yè)所得稅時允許在稅前扣除。

第二種意見：《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》（國稅發(fā)[2009]31號）第三十六條規(guī)定，企業(yè)以本企業(yè)為主體聯(lián)合其他企業(yè)、單位、個人合作或合資開發(fā)房地產(chǎn)項目，且該項目未成立獨(dú)立法人公司的，凡開發(fā)合同或協(xié)議中約定分配項目利潤的，企業(yè)應(yīng)將該項目形成的營業(yè)利潤額并入當(dāng)期應(yīng)納稅所得額統(tǒng)一申報繳納企業(yè)所得稅，不得在稅前分配該項目的利潤。同時不能因接受投資方投資額而在成本中攤銷或在稅前扣除相關(guān)的利息支出。投資方取得該項目的營業(yè)利潤應(yīng)視同股息、紅利進(jìn)行相關(guān)的稅務(wù)處理。

根據(jù)上述規(guī)定，乙方取得的分配直接作投資收益處理，視同股息分配，免征企業(yè)所得稅，乙方無需向甲方開具稅務(wù)發(fā)票，甲方支付給乙方的收益只能通過“利潤分配——未分配利潤”科目核算。