修訂后的《中華人民共和國公司法》和國務院批準的《注冊資本登記制度改革方案》對公司設立、年檢等制度作出重大調整，將注冊資本實繳登記制改為認繳登記制。實繳制度是舊公司法的規(guī)定，比如，要求有限責任公司在兩年內繳足注冊資本。認繳制度是指現(xiàn)在設立公司注冊資本以及繳足期限由股東自行約定，不再限定在兩年內繳足。比如，注冊資本1億元，可以約定在20年內繳足，如果在20年內未繳足，要面臨注銷或減資。若未繳足且未注銷未減資的，需承擔法律責任。由于企業(yè)所得稅在法律規(guī)定上有很多地方與實收資本有關，這一制度的修改勢必對稅務機關企業(yè)所得稅的征管帶來一定的影響。

資本弱化情況存在稅收風險。《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第四十六條規(guī)定：“企業(yè)從其關聯(lián)方接受的債權性投資與權益性投資的比例超過規(guī)定標準而發(fā)生的利息支出，不得在計算應納稅所得額時扣除?！?

《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)關聯(lián)方利息支出稅前扣除標準有關稅收政策問題的通知》（財稅〔2008〕121號）規(guī)定，為規(guī)范企業(yè)利息支出稅前扣除，加強企業(yè)所得稅管理，根據《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第四十六條和《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第一百一十九條的規(guī)定，在計算應納稅所得額時，企業(yè)實際支付給關聯(lián)方的利息支出，不超過規(guī)定比例和稅法及其實施條例有關規(guī)定計算的部分，準予扣除，超過的部分不得在發(fā)生當期和以后年度扣除。企業(yè)接受關聯(lián)方債權性投資與其權益性投資的比例，金融企業(yè)為5∶1；其他企業(yè)為2∶1。

目前，關聯(lián)方融資情況越來越多，企業(yè)權益性投資越小，債權性投資越大，允許稅前扣除的利息按比例計算后，企業(yè)按照發(fā)生額支出利息費用，存在企業(yè)所得稅風險，也給稅務機關企業(yè)所得稅管理帶來了一定的難度。

注冊資金不到位影響稅額計算。根據《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》以及《國家稅務總局關于企業(yè)投資者投資未到位而發(fā)生的利息支出企業(yè)所得稅前扣除問題的批復》（國稅函〔2009〕312號）的規(guī)定，凡企業(yè)投資者在規(guī)定期限內未繳足其應繳資本額的，該企業(yè)對外借款所發(fā)生的利息，相當于投資者實繳資本額與在規(guī)定期限內應繳資本額的差額應計付的利息，其不屬于企業(yè)合理的支出，應由企業(yè)投資者負擔，不得在計算企業(yè)應納稅所得額時扣除。

在注冊資本認繳制度下，根據稅法規(guī)定，對企業(yè)來說，如果企業(yè)設立時認繳的注冊資本過大，逾期未繳足資本金將面臨對應數(shù)額借款利息無法扣除的稅務風險，形成永久性差異；對稅務機關而言，由于認繳注冊資本轉化為實收資本比較繁瑣，設置風險指標口徑比較困難，給企業(yè)所得稅的正確計算帶來一定的難度。