實際上，在新企業(yè)所得稅法實施以前，國家稅務(wù)總局針對建筑企業(yè)所得稅納稅地點的問題就專門下文進行過明確。國家稅務(wù)總局1995年出臺了國稅發(fā)[1995]227號《國家稅務(wù)總局關(guān)于建筑安裝企業(yè)所得稅納稅地點問題的通知》，明確了建筑企業(yè)的納稅地點問題，即建筑安裝企業(yè)離開工商登記注冊地或經(jīng)營管理所在地（以下簡稱所在地）到本縣（區(qū)）以外地區(qū)施工的，應(yīng)向其所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申請開具外出經(jīng)營活動稅收管理證明（以下簡稱外出經(jīng)營證），其經(jīng)營所得，由所在地主管稅務(wù)機關(guān)一并計征所得稅。否則，其經(jīng)營所得由企業(yè)項目施工地（以下簡稱施工地）主管稅務(wù)機關(guān)就地征收所得稅。也就是說，建筑企業(yè)異地施工，持有外出經(jīng)營活動稅收管理證明（以下簡稱外經(jīng)證）的，企業(yè)所得稅回機構(gòu)所在地繳納。無外經(jīng)證的，在施工地就地繳納企業(yè)所得稅。

　　但是，由于各地對于稅源的爭奪，這一規(guī)定在實踐中一直沒有得到有效的執(zhí)行。對于建筑企業(yè)所得稅納稅地點的問題，國家稅務(wù)總局在新企業(yè)所得稅法實施后曾下發(fā)過一個《建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（征求意見稿）。意見稿中對于建筑企業(yè)的納稅地點和繳稅方式主要有兩層意思：一是實行總分支機構(gòu)的建筑企業(yè)，按總分支機構(gòu)匯總納稅有關(guān)規(guī)定執(zhí)行；二是不實行總分機構(gòu)體制，由建筑企業(yè)總機構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項目經(jīng)理部，應(yīng)按項目實際經(jīng)營收入的0.5%按月或按季（隨同營業(yè)稅）由總機構(gòu)向項目所在地預(yù)分企業(yè)所得稅，并由項目管理部向主管稅務(wù)機關(guān)繳納。對于該意見，當(dāng)?shù)赜泻芏嗍┕ろ椖康牡貐^(qū)比較歡迎。而對于擁有很多建筑企業(yè)的地區(qū)則會面臨很大的稅款流失。比如我國有些地區(qū)就是有名的建筑之鄉(xiāng)，當(dāng)?shù)赜泻芏啻笮徒ㄖ髽I(yè)，但這些企業(yè)基本是在該地區(qū)以外的全國各地進行施工。如果這些企業(yè)都在施工地預(yù)繳部分企業(yè)所得稅的話，這些地區(qū)的由此將損失大量的稅收。

　　為進一步規(guī)范建筑企業(yè)所得稅納稅地點，保障納稅人的合法權(quán)益，維護正常有序的稅收征納秩序，國家稅務(wù)總局于2010年1月26日專門下發(fā)了《關(guān)于建筑企業(yè)所得稅征管有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]39號），規(guī)范了建筑企業(yè)所得稅的征管。從文件規(guī)定來看，總局新的文件基本否定了當(dāng)時征求意見稿的意見。

　　第一：實行總、分機構(gòu)體制的跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)應(yīng)嚴(yán)格執(zhí)行國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定，按照統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫的辦法計算繳納企業(yè)所得稅。

　　這里實際上是將建筑企業(yè)跨地區(qū)經(jīng)營分為實行總、分支機構(gòu)體制和不實行總、機構(gòu)體制兩種情況，分別規(guī)定建筑企業(yè)所得稅的稅收征管問題。

　　如果建筑企業(yè)跨地區(qū)經(jīng)營，不實行總、分機構(gòu)體制的，即施工合同由總機構(gòu)直接和建設(shè)單位簽訂，由總機構(gòu)直接以自己名義來項目所在地進行施工的，如果總機構(gòu)能向項目所在地稅務(wù)機關(guān)提供以其名義簽訂的合同、外出經(jīng)營活動稅收管理證明、機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)提供的納稅證明及相應(yīng)身份證明的，其企業(yè)所得稅應(yīng)回其機構(gòu)所在地納稅。

　　如果建筑企業(yè)跨地區(qū)經(jīng)營，實行總、分機構(gòu)體制的，應(yīng)根據(jù)國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定，分支機構(gòu)應(yīng)在項目所在地按月或按季預(yù)繳企業(yè)所得稅。但是，根據(jù)國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定，新設(shè)立的分支機構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。當(dāng)然，盡管有這個文件的規(guī)定，各地稅務(wù)機關(guān)對于實行總、分機構(gòu)體制的跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)在企業(yè)所得稅的具體征管方法上可能還會有所差異。有些地方在文件下發(fā)后在開票環(huán)節(jié)就不再預(yù)征企業(yè)所得稅，而是嚴(yán)格要求分支機構(gòu)按規(guī)定預(yù)繳企業(yè)所得稅。有些地方從強化管理的角度考慮，可能在開票環(huán)節(jié)仍實行按一個固定比例預(yù)征企業(yè)所得稅，但是在年度終了，會根據(jù)分支機構(gòu)提供的《中華人民共和國企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)分配表》進行結(jié)算，多退少補。這個，企業(yè)應(yīng)關(guān)注當(dāng)?shù)氐南嚓P(guān)規(guī)定。但是，企業(yè)必須要牢記一點的是，無論當(dāng)?shù)貙嵭心姆N管理模式，分支機構(gòu)在當(dāng)?shù)仡A(yù)繳的企業(yè)所得稅不能超過按國稅發(fā)[2008]28號文的規(guī)定應(yīng)在當(dāng)?shù)仡A(yù)繳的企業(yè)所得稅數(shù)額，否則總機構(gòu)應(yīng)在隨后的預(yù)繳期間內(nèi)，由總機構(gòu)將按上述文件規(guī)定計算分配的稅款差額從分支機構(gòu)的預(yù)繳數(shù)中扣減。即分支機構(gòu)在當(dāng)?shù)囟囝A(yù)繳的企業(yè)所得稅，在總機構(gòu)辦理企業(yè)所得稅年度匯算清繳時，不能作為已繳稅款而減少總機構(gòu)應(yīng)在其所在地稅務(wù)機關(guān)應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅，而影響到總機構(gòu)所在地的稅收權(quán)益。

　　這里，還需要注意的是，總機構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)，就地分期預(yù)繳企業(yè)所得稅。二級分支機構(gòu)及其下屬機構(gòu)均由二級分支機構(gòu)集中就地預(yù)繳企業(yè)所得稅；三級及以下分支機構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)。

　　也就是說，實行總、分機構(gòu)體制的跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅的，僅限于其設(shè)立的具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)。三級及其以下分支機構(gòu)不需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　　對于符合條件的二級分支機構(gòu)，國稅函[2009]221號《國家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》又給予了進一步明確：二級分支機構(gòu)是指總機構(gòu)對其財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進行統(tǒng)一核算和管理的領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照的分支機構(gòu)。以總機構(gòu)名義進行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構(gòu)，無法提供有效證據(jù)證明其二級及二級以下分支機構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。

　　由于施工資質(zhì)等各種原因，建筑業(yè)中的掛靠經(jīng)營非常普遍。有些建筑企業(yè)跨地區(qū)經(jīng)營設(shè)立的分支機構(gòu)，在財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等方面都合總機構(gòu)無直接聯(lián)系，僅僅是某些企業(yè)和個人為了獲得施工資質(zhì)，借有資質(zhì)建筑企業(yè)之名設(shè)立的。因此，這些不符合條件的二級分支機構(gòu)，應(yīng)作為獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。

　　第二：建筑企業(yè)跨地區(qū)設(shè)立的不符合二級分支機構(gòu)條件的項目經(jīng)理部（包括與項目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等），應(yīng)匯總到總機構(gòu)或二級分支機構(gòu)統(tǒng)一計算，按照國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定的辦法計算繳納企業(yè)所得稅。

　　由于符合條件的二級分支機構(gòu)必須是領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照的分支機構(gòu)，因此建筑企業(yè)跨地區(qū)經(jīng)營，從管理角度考慮設(shè)立的項目經(jīng)理部、工程指揮部或合同段，都不符合二級分支機構(gòu)的條件。因此，如果這些項目經(jīng)理部是總機構(gòu)直接設(shè)立的，則匯總到總機構(gòu)繳納企業(yè)所得稅，不需要在當(dāng)?shù)仡A(yù)繳。如果這些項目經(jīng)理部是符合條件的二級分支機構(gòu)設(shè)立的，則并入二級分支機構(gòu)，由二級分支機構(gòu)統(tǒng)一預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　　第三：文件重申了稅收執(zhí)法紀(jì)律，各地稅務(wù)機關(guān)自行制定的與本通知相抵觸的征管文件，一律停止執(zhí)行并予以糾正；對按照規(guī)定不應(yīng)就地預(yù)繳而征收了企業(yè)所得稅的，要及時將稅款返還給企業(yè)。未按本通知要求進行糾正的，稅務(wù)總局將按照執(zhí)法責(zé)任制的有關(guān)規(guī)定嚴(yán)肅處理。