1.企業(yè)所得稅處理

政策法規(guī)：

根據(jù)《國家稅務總局關于印發(fā)〈跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》(國家稅務總局公告2012年第57號)（以下簡稱"稅總2012年57號公告"）規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業(yè)為跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)（以下簡稱匯總納稅企業(yè)）。 匯總納稅企業(yè)實行"統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫"的企業(yè)所得稅征收管理辦法。

匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。

（2）對于以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表，也無法提供"稅總2012年57號公告"第二十三條規(guī)定的相關證據(jù)證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。

總結：

對于分公司的企業(yè)所得稅管理：符合規(guī)定條件的匯總納稅的分公司，實行"就地預繳、匯總清算"；

無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表，又無法證明分支機構的，按照獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅；

分公司實行獨立核算、不匯總納稅的，按照獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。

2.增值稅處理

（1）分支機構納稅地點的規(guī)定

政策法規(guī)：

根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條規(guī)定，固定業(yè)戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅?？倷C構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，分支機構的增值稅一般情況下就地申報納稅。

但是，該條同時規(guī)定，經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

《財政部、國家稅務總局關于固定業(yè)戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅[2012]9號）對上述規(guī)定進一步明確：固定業(yè)戶的總分支機構不在同一縣（市），但在同一?。▍^(qū)、市）范圍內的，經?。▍^(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。省（區(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務局應將審批同意的結果，上報財政部、國家稅務總局備案。

總結：不管是獨立核算的子公司，還是非獨立核算的分公司，在增值稅納稅處理上是一致的。即總、分機構各自就地申報納稅。但是，經省（區(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意后，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。

（2）統(tǒng)一核算的總分機構之間的貨物移送作視同銷售的特殊規(guī)定

政策法規(guī)：

①《增值稅暫行條例實施細則》第4條視同銷售貨物行為的第（3）項：設有兩個以上機構并實行統(tǒng)一核算的納稅人，將貨物從一個機構移送其他機構用于銷售，但相關機構設在同一縣（市）的除外。

②《國家稅務總局關于企業(yè)所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)[1998]137號）規(guī)定，《實施細則》第4條視同銷售貨物行為的第（3）項所稱的用于銷售，是指受貨機構發(fā)生以下情形之一的經營行為：向購貨方開具發(fā)票；向購貨方收取貨款。受貨機構的貨物移送行為有上述兩項情形之一的，應當向所在地稅務機關繳納增值稅；未發(fā)生上述兩項情形的，則應由總機構統(tǒng)一繳納增值稅。如果受貨機構只就部分貨物向購買方開具發(fā)票或收取貨款，則應當區(qū)別不同情況計算并分別向總機構所在地或分支機構所在地繳納稅款。

③ 《國家稅務總局關于納稅人以資金結算網絡方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》（國稅函[2002]802號）規(guī)定，納稅人以總機構的名義在各地開立賬戶，通過資金結算網絡在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構直接向購貨方開具發(fā)票的行為，不具備《國家稅務總局關于企業(yè)所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)[1998]137號)規(guī)定的受貨機構向購貨方開具發(fā)票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應稅收入應當在總機構所在地繳納增值稅。

總結：

實行統(tǒng)一核算納稅人的總分機構之間，總機構將貨物移送到分支機構，如果分支機構將移送到的貨物對外銷售時使用分支機構當?shù)氐陌l(fā)票向購貨方開具發(fā)票或者向購貨方收取貨款，只要滿足這兩個條件之一的，這部分貨物銷售的增值稅需要在分支機構所在地繳納稅款。總機構在貨物移送時就需要視同銷售，開具專用發(fā)票給分支機構抵扣。但如果總機構統(tǒng)一收款、統(tǒng)一開票，這部分貨物銷售應當在總機構所在地繳納增值稅。

三、公司組織形式的納稅籌劃

公司內部組織結構不同， 其總體稅負水平也會產生差異。 這主要是因為子公司與分公司的稅收待遇不一致。 從納稅籌劃角度看，子公司作為獨立的法人，是獨立的納稅人。而分公司作為母公司的分支機構，不具備獨立納稅人資格。

一些國家對外國公司的分支機構所實現(xiàn)的利潤， 在征收公司所得稅以外，還開征"分支機構稅"，即對分支機構扣除已征的公司所得稅后的全部利潤再征一道稅，而不管其稅后利潤是否匯回國外母公司。而對于子公司，在征收公司所得稅后，僅就其匯回國外母公司的股息部分征收預提所得稅。也有些國家只就其分支機構未再投資于固定資產的利潤部分征稅。

而對于國內投資來說，情況就不一樣了。因為分公司不是獨立納稅人，其利潤或虧損結轉給總公司，由總公司統(tǒng)一集中納稅，這樣總公司和分公司之間的盈虧在計稅時可以相抵，而母公司與子公司之間則不享有這一納稅待遇。

因此，對初創(chuàng)階段時間較長、無法盈利的企業(yè)一般應設立成分公司，這樣可以利用成本擴張沖減總公司的利潤，減輕稅負；對扭虧為盈迅速、位于稅收優(yōu)惠地區(qū)的企業(yè)則可考慮設立為子公司，這樣可以享受當?shù)氐亩愂諆?yōu)惠。 如稅法規(guī)定，如果聯(lián)營企業(yè)在當?shù)剡m用的法定稅率內又享受減半或特殊優(yōu)惠政策的，其優(yōu)惠的部分應視同己繳稅額。

實際上， 設立子公司與設立分公司的節(jié)稅利益孰高孰低并不是絕對的，它受國家稅制、納稅經營狀況及企業(yè)內部分配政策等多重因素的影響， 投資者在進行企業(yè)內部組織結構選擇時必須綜合考慮其不同內部組織結構下的風險和收益。

于此同時，實務中如果是設立生產型分公司，實際上會受限于目前財政分配體制等因素，當?shù)卣径荚趯崉詹僮鲗用娼沽舜祟惙桨?，而此前國內也僅有極少數(shù)成功案例。這里涉及到稅務、海關、工商和商委等多個部門的法律法規(guī)，也有各類地方法規(guī)和地方部門的實務操作審批流程，稅務需要協(xié)調法務在其中找到最大公約數(shù)。目前已有不少實務成功案例。