1.企業(yè)所得稅處理

政策法規(guī)：

根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》(國家稅務(wù)總局公告2012年第57號)（以下簡稱"稅總2012年57號公告"）規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，該居民企業(yè)為跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)（以下簡稱匯總納稅企業(yè)）。 匯總納稅企業(yè)實行"統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫"的企業(yè)所得稅征收管理辦法。

匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機構(gòu)間分?jǐn)偅鞣种C構(gòu)根據(jù)分?jǐn)偠惪罹偷剞k理繳庫或退庫；50%由總機構(gòu)分?jǐn)偫U納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。

（2）對于以總機構(gòu)名義進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構(gòu)，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，也無法提供"稅總2012年57號公告"第二十三條規(guī)定的相關(guān)證據(jù)證明其二級及以下分支機構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。

總結(jié)：

對于分公司的企業(yè)所得稅管理：符合規(guī)定條件的匯總納稅的分公司，實行"就地預(yù)繳、匯總清算"；

無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，又無法證明分支機構(gòu)的，按照獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅；

分公司實行獨立核算、不匯總納稅的，按照獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。

2.增值稅處理

（1）分支機構(gòu)納稅地點的規(guī)定

政策法規(guī)：

根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條規(guī)定，固定業(yè)戶應(yīng)當(dāng)向其機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。總機構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。因此，分支機構(gòu)的增值稅一般情況下就地申報納稅。

但是，該條同時規(guī)定，經(jīng)國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門或者其授權(quán)的財政、稅務(wù)機關(guān)批準(zhǔn)，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。

《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于固定業(yè)戶總分支機構(gòu)增值稅匯總納稅有關(guān)政策的通知》（財稅[2012]9號）對上述規(guī)定進(jìn)一步明確：固定業(yè)戶的總分支機構(gòu)不在同一縣（市），但在同一?。▍^(qū)、市）范圍內(nèi)的，經(jīng)?。▍^(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務(wù)局審批同意，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納增值稅。省（區(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務(wù)局應(yīng)將審批同意的結(jié)果，上報財政部、國家稅務(wù)總局備案。

總結(jié)：不管是獨立核算的子公司，還是非獨立核算的分公司，在增值稅納稅處理上是一致的。即總、分機構(gòu)各自就地申報納稅。但是，經(jīng)省（區(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務(wù)局審批同意后，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納增值稅。

（2）統(tǒng)一核算的總分機構(gòu)之間的貨物移送作視同銷售的特殊規(guī)定

政策法規(guī)：

①《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第4條視同銷售貨物行為的第（3）項：設(shè)有兩個以上機構(gòu)并實行統(tǒng)一核算的納稅人，將貨物從一個機構(gòu)移送其他機構(gòu)用于銷售，但相關(guān)機構(gòu)設(shè)在同一縣（市）的除外。

②《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)[1998]137號）規(guī)定，《實施細(xì)則》第4條視同銷售貨物行為的第（3）項所稱的用于銷售，是指受貨機構(gòu)發(fā)生以下情形之一的經(jīng)營行為：向購貨方開具發(fā)票；向購貨方收取貨款。受貨機構(gòu)的貨物移送行為有上述兩項情形之一的，應(yīng)當(dāng)向所在地稅務(wù)機關(guān)繳納增值稅；未發(fā)生上述兩項情形的，則應(yīng)由總機構(gòu)統(tǒng)一繳納增值稅。如果受貨機構(gòu)只就部分貨物向購買方開具發(fā)票或收取貨款，則應(yīng)當(dāng)區(qū)別不同情況計算并分別向總機構(gòu)所在地或分支機構(gòu)所在地繳納稅款。

③ 《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人以資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》（國稅函[2002]802號）規(guī)定，納稅人以總機構(gòu)的名義在各地開立賬戶，通過資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構(gòu)直接向購貨方開具發(fā)票的行為，不具備《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)[1998]137號)規(guī)定的受貨機構(gòu)向購貨方開具發(fā)票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應(yīng)稅收入應(yīng)當(dāng)在總機構(gòu)所在地繳納增值稅。

總結(jié)：

實行統(tǒng)一核算納稅人的總分機構(gòu)之間，總機構(gòu)將貨物移送到分支機構(gòu)，如果分支機構(gòu)將移送到的貨物對外銷售時使用分支機構(gòu)當(dāng)?shù)氐陌l(fā)票向購貨方開具發(fā)票或者向購貨方收取貨款，只要滿足這兩個條件之一的，這部分貨物銷售的增值稅需要在分支機構(gòu)所在地繳納稅款?？倷C構(gòu)在貨物移送時就需要視同銷售，開具專用發(fā)票給分支機構(gòu)抵扣。但如果總機構(gòu)統(tǒng)一收款、統(tǒng)一開票，這部分貨物銷售應(yīng)當(dāng)在總機構(gòu)所在地繳納增值稅。

三、公司組織形式的納稅籌劃

公司內(nèi)部組織結(jié)構(gòu)不同， 其總體稅負(fù)水平也會產(chǎn)生差異。 這主要是因為子公司與分公司的稅收待遇不一致。 從納稅籌劃角度看，子公司作為獨立的法人，是獨立的納稅人。而分公司作為母公司的分支機構(gòu)，不具備獨立納稅人資格。

一些國家對外國公司的分支機構(gòu)所實現(xiàn)的利潤， 在征收公司所得稅以外，還開征"分支機構(gòu)稅"，即對分支機構(gòu)扣除已征的公司所得稅后的全部利潤再征一道稅，而不管其稅后利潤是否匯回國外母公司。而對于子公司，在征收公司所得稅后，僅就其匯回國外母公司的股息部分征收預(yù)提所得稅。也有些國家只就其分支機構(gòu)未再投資于固定資產(chǎn)的利潤部分征稅。

而對于國內(nèi)投資來說，情況就不一樣了。因為分公司不是獨立納稅人，其利潤或虧損結(jié)轉(zhuǎn)給總公司，由總公司統(tǒng)一集中納稅，這樣總公司和分公司之間的盈虧在計稅時可以相抵，而母公司與子公司之間則不享有這一納稅待遇。

因此，對初創(chuàng)階段時間較長、無法盈利的企業(yè)一般應(yīng)設(shè)立成分公司，這樣可以利用成本擴張沖減總公司的利潤，減輕稅負(fù)；對扭虧為盈迅速、位于稅收優(yōu)惠地區(qū)的企業(yè)則可考慮設(shè)立為子公司，這樣可以享受當(dāng)?shù)氐亩愂諆?yōu)惠。 如稅法規(guī)定，如果聯(lián)營企業(yè)在當(dāng)?shù)剡m用的法定稅率內(nèi)又享受減半或特殊優(yōu)惠政策的，其優(yōu)惠的部分應(yīng)視同己繳稅額。

實際上， 設(shè)立子公司與設(shè)立分公司的節(jié)稅利益孰高孰低并不是絕對的，它受國家稅制、納稅經(jīng)營狀況及企業(yè)內(nèi)部分配政策等多重因素的影響， 投資者在進(jìn)行企業(yè)內(nèi)部組織結(jié)構(gòu)選擇時必須綜合考慮其不同內(nèi)部組織結(jié)構(gòu)下的風(fēng)險和收益。

于此同時，實務(wù)中如果是設(shè)立生產(chǎn)型分公司，實際上會受限于目前財政分配體制等因素，當(dāng)?shù)卣径荚趯崉?wù)操作層面禁止了此類方案，而此前國內(nèi)也僅有極少數(shù)成功案例。這里涉及到稅務(wù)、海關(guān)、工商和商委等多個部門的法律法規(guī)，也有各類地方法規(guī)和地方部門的實務(wù)操作審批流程，稅務(wù)需要協(xié)調(diào)法務(wù)在其中找到最大公約數(shù)。目前已有不少實務(wù)成功案例。