在營改增試點運行過程中，各方陸續(xù)反映了一些政策執(zhí)行中出現(xiàn)的操作問題有待統(tǒng)一和明確。為此，稅務總局制定了《國家稅務總局關于進一步明確營改增有關征管問題的公告》，明確了十個方面的問題：
　　一是納稅人銷售活動板房、機器設備、鋼結構件等自產貨物的同時提供建筑、安裝服務，明確不屬于混合銷售，應分別核算貨物和建筑服務的銷售額，分別適用不同的稅率或者征收率。
　　二是明確了建筑企業(yè)簽訂建筑合同后以內部授權或者三方協(xié)議等方式，授權其集團內其他單位提供建筑服務的，在業(yè)務流、資金流、發(fā)票流“三流”不完全一致的情況下，如何計算繳納增值稅并開具發(fā)票。
　　三是明確了納稅人在同一地級行政區(qū)范圍內跨縣（市、區(qū)）提供建筑服務的，不實行《納稅人跨縣（市、區(qū)）提供建筑服務增值稅征收管理暫行辦法》中異地預征的征管模式。
　　四是明確甲方無論是自行采購電梯交給電梯企業(yè)（一般納稅人，下同）安裝，還是從電梯企業(yè)采購電梯并由其安裝，電梯企業(yè)提供的安裝服務均可以按照甲供工程選擇適用簡易計稅方法計稅。同時，對電梯進行日常清潔、潤滑等保養(yǎng)服務，應按現(xiàn)代服務適用6%的稅率計稅。
　　五是統(tǒng)一政策口徑，明確了納稅人提供的植物養(yǎng)護服務，按照“其他生活服務”繳納增值稅。
　　六是明確了銀行卡跨機構資金清算業(yè)務中各涉稅主體如何計算繳納增值稅以及發(fā)票開具等問題。
　　以典型的POS機刷卡消費為例（注：相關費用金額均為假設），消費者（持卡人）在商場用銀行卡刷卡1000元購買了一臺咖啡機，要實現(xiàn)貨款從消費者的銀行卡賬戶劃轉至商戶賬戶，商戶需要與收單機構（在商戶安裝刷卡終端設備的單位）簽訂服務協(xié)議，并向其支付服務費。除收單機構外，此過程中還需要清算機構（中國銀聯(lián)）和發(fā)卡機構（消費者所持銀行卡的開卡行）提供相關服務并同時收取服務費。涉及的資金流為：（1）刷卡后，消費者所持銀行卡的發(fā)卡機構從其卡賬戶中扣除咖啡機全款1000元；（2）發(fā)卡機構就這筆業(yè)務收取發(fā)卡行服務費6元，并需向清算機構支付網絡服務費1元，因此，發(fā)卡機構扣除自己實際獲得的5元（6-1=5）后，將貨款余額995元（1000-5=995）轉入清算機構；（3）清算機構扣減自己應分別向收單機構和發(fā)卡機構收取的網絡服務費（各1元）后，將剩余款項993元（995-1-1=993）轉入收單機構；（4）收單機構扣減自己實際獲得的收單服務費3元，將剩余款項轉入商戶；（5）最終，商戶獲得咖啡機銷售款，并支付了10元手續(xù)費，最終收到990元。
      在上述業(yè)務中，發(fā)卡機構應以6元為銷售額，并向清算機構開具6元增值稅發(fā)票，同時，可向清算機構索取1元增值稅發(fā)票用于進項稅抵扣；清算機構應以8元為銷售額，并向發(fā)卡機構開具1元增值稅發(fā)票，向收單機構開具7元增值稅發(fā)票，同時，可向發(fā)卡機構索取6元增值稅發(fā)票用于進項稅抵扣；收單機構應向商戶開具10元增值稅發(fā)票，并可向清算機構索取7元增值稅發(fā)票用于進項稅抵扣。
　　七是為回應納稅人訴求，明確在符合規(guī)定的前提下，將納稅人補開增值稅發(fā)票的時間延長至2017年12月31日。納稅人2016年5月1日前發(fā)生的營業(yè)稅涉稅業(yè)務，需要補開發(fā)票的，可于2017年12月31日前開具增值稅普通發(fā)票（稅務總局另有規(guī)定的除外）。需要補開發(fā)票的情形主要有：
　?。ㄒ唬┮焉陥鬆I業(yè)稅，未開具發(fā)票的；
　?。ǘ┮焉陥鬆I業(yè)稅，已開具發(fā)票，發(fā)生銷售退回或折讓、開票有誤、應稅服務中止等情形，需要開具紅字發(fā)票或重新開具發(fā)票的；
　?。ㄈ┮蜒a繳營業(yè)稅稅款，未開具發(fā)票的。
　　八是進一步優(yōu)化納稅服務，縮短辦理增值稅專用發(fā)票最高開票限額的審批時限。實行實名辦稅的地區(qū)，已由稅務機關現(xiàn)場采集法定代表人（業(yè)主、負責人）實名信息的納稅人，申請增值稅專用發(fā)票最高開票限額不超過十萬元的，主管國稅機關由受理申請之日起20個工作日內辦結提速至2個工作日內辦結，有條件的主管國稅機關即時辦結。
　　九是將建筑業(yè)納入增值稅小規(guī)模納稅人自行開具增值稅專用發(fā)票試點范圍。
　　十是將現(xiàn)行增值稅專用發(fā)票、機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票以及海關進口增值稅專用繳款書的認證、確認或申請稽核比對的時限由180日放寬至360日。