進出保稅港區(qū)的貸物直接涉及的稅種主要包括：關(guān)稅、進口環(huán)節(jié)稅（海關(guān)代征進口增值稅）及出口退（免）稅，除此之外還包括一些其他方面的稅收政策。

　　一、關(guān)稅與進口環(huán)節(jié)稅

　　1、除法律、行政法規(guī)另有規(guī)定外，從境外，區(qū)外進入?yún)^(qū)內(nèi)生產(chǎn)性的基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項目所需的機器、設(shè)備和建設(shè)生產(chǎn)廠房、倉儲設(shè)施所需的基建物資；區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)所需的機器、設(shè)備、模具及其維修用零配件；區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機構(gòu)自用合理數(shù)量的辦公用品，海關(guān)免征進口關(guān)稅和進口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅。

　　2、從境外，區(qū)外進入?yún)^(qū)內(nèi)，供區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機構(gòu)自用的交通運輸工具、生活消費用品，海關(guān)按照有關(guān)規(guī)定征收進口關(guān)稅和進口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅。

　　3、從保稅港區(qū)運往境外的貨物免征出口關(guān)稅，但法律、行政法規(guī)另有規(guī)定的除外。

　　4、海關(guān)對于保稅港區(qū)與其他海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間往來的貨物，實行保稅監(jiān)管，不征收進出口環(huán)節(jié)的有關(guān)稅收。

　　二、出口退（免）稅

　　進口保稅港區(qū)的貨物，無論是從區(qū)內(nèi)到境外，還是區(qū)外到區(qū)內(nèi)或者是區(qū)內(nèi)到區(qū)外的出口退（免）稅政策，應(yīng)參照《國家稅務(wù)總局關(guān)于洋山保稅港區(qū)等海關(guān)監(jiān)管特殊區(qū)域有關(guān)稅收問題的通知》（國稅函［2006］1226號）執(zhí)行。該文件規(guī)定：“洋山保稅港區(qū)（簡稱港區(qū)）和珠澳跨境工業(yè)區(qū)珠海園區(qū)（簡稱園區(qū)）享受出口加工區(qū)的稅收政策，即國內(nèi)貨物進入港區(qū)或園區(qū)視同出口，實行退稅，港區(qū)或園區(qū)內(nèi)企業(yè)的貨物交易不征收增值稅、消費稅。具體政策比照《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)（出口加工區(qū)稅收管理暫行辦法）的通知》（國稅發(fā)[2000]155號）和《國家稅務(wù)總局關(guān)于出口加工區(qū)耗用水、電、氣準予退稅的通知》（國稅發(fā)[2002]116號）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于蕪湖出口加工區(qū)基建物資出口退稅的批復(fù)》（國稅函[2004]805號）的有關(guān)規(guī)定執(zhí)行?！庇纱丝梢钥闯?，保稅港區(qū)享受保稅區(qū)、保稅物流園區(qū)、出口加工區(qū)相關(guān)的稅收和外匯管理政策。主要包括：

　　1、境外貨物物進入港區(qū)實行保稅。

　　2、區(qū)外的國內(nèi)貨物進入港區(qū)視同出口，對符合退（免）稅條件的貨物實行退（免）稅。如，區(qū)外企業(yè)銷售給區(qū)內(nèi)企業(yè)，并運入供區(qū)內(nèi)企業(yè)使用的國產(chǎn)設(shè)備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、以及建造基礎(chǔ)設(shè)施，區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理部門生產(chǎn)、辦公用房的基建物資（不包括水、電、氣）等。區(qū)外企業(yè)可憑海關(guān)簽發(fā)的出口貨物報關(guān)單（出口退稅專用）和其他現(xiàn)行規(guī)定的出口退稅賃證，向國稅機關(guān)申報辦理退（免）稅。對區(qū)外企業(yè)銷售并運入?yún)^(qū)內(nèi)的貨物（不包括水、電、氣），一律開具出口銷售發(fā)票，不得開具增值稅專用發(fā)票或普通發(fā)票。

　　3、區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)出口貨物所耗用的水、電、氣，準予退還所含的增值稅。區(qū)外企業(yè)銷售并輸入給區(qū)內(nèi)企業(yè)的水、電、氣，一律向區(qū)內(nèi)企業(yè)開具增值稅專用發(fā)票，不得開具普通發(fā)票或出口專用發(fā)票。區(qū)內(nèi)企業(yè)憑此依據(jù)向國稅機關(guān)申報辦理退（免）稅。
應(yīng)退稅額=增值稅專用發(fā)票注明的進項金額×退稅稅率（現(xiàn)行）

　　如供應(yīng)單位按簡易辦法征收增值稅的，退稅率為征收率。

　　區(qū)內(nèi)企業(yè)從區(qū)外購進的水、電、氣，凡用于出租、出讓廠房的，不預(yù)辦理退稅。已辦理退稅的，區(qū)內(nèi)企業(yè)應(yīng)在出租、出讓行為發(fā)生的次月，向主管出口退稅的國稅機關(guān)申報并繳納已退還的稅款。

　　4、區(qū)外企業(yè)銷售給區(qū)內(nèi)企業(yè)、行政管理部門并運入?yún)^(qū)內(nèi)供其使用的生活消費用品、交通運輸工具，或者區(qū)外企業(yè)從境外進口再運入港區(qū)內(nèi)的貨物，海關(guān)不予簽發(fā)出口貨物報關(guān)單（出口退稅專用），國稅機關(guān)不予辦理退（免）稅。

　　5、區(qū)內(nèi)企業(yè)委托區(qū)外企業(yè)進行產(chǎn)品加工，一律不予退（免）稅。但對區(qū)內(nèi)企業(yè)檢測、維修完畢運回的機器、設(shè)備、模具和辦公用品等，有更換新零物、配件或者附件需要退稅的，可以憑海關(guān)簽發(fā)出口貨物報關(guān)單證明聯(lián)等其他資料向國稅部門申報退（免）稅。

　　6、區(qū)內(nèi)貨物進入國內(nèi)銷售，按貨物進口的有關(guān)規(guī)定辦理報關(guān)，并對報關(guān)的貨物征收增值稅、消費稅；如區(qū)外的出口企業(yè)開展加工貿(mào)易，若進口料件是從區(qū)內(nèi)企業(yè)購進的，可按現(xiàn)行的進料加工和來料加工稅收政策執(zhí)行。

　　7、區(qū)內(nèi)企業(yè)之間的貨物交易不征增值稅和消費稅，對區(qū)內(nèi)企業(yè)在區(qū)內(nèi)加工、生產(chǎn)的貨物，凡屬于貨物直接出口和銷售給區(qū)內(nèi)企業(yè)的，免征增值稅、消費稅。對區(qū)內(nèi)企業(yè)出口到境外或國內(nèi)的貨物，不予辦理退稅。

　　三、區(qū)內(nèi)企業(yè)適用的其他稅收政策

　　1、區(qū)內(nèi)企業(yè)按現(xiàn)行有關(guān)法律法規(guī)，規(guī)章應(yīng)當繳納地方規(guī)定的各種稅收。

　　2、區(qū)內(nèi)的內(nèi)資企業(yè)按國家現(xiàn)行企業(yè)所得稅法依法納稅，外商投資企業(yè)比照現(xiàn)行有關(guān)經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)的所得稅政策規(guī)定執(zhí)行。

　　3、對采取弄虛作假等手段騙取退（免）稅的，應(yīng)按《中華人民共和國稅收征收管理法》等有關(guān)規(guī)定予以處罰。

　　從以上稅收政策看出，保稅港區(qū)所適用的稅收政策疊加了保稅區(qū)、保稅物流園區(qū)和出口加工區(qū)的政策優(yōu)勢，為實現(xiàn)我國自由流通港區(qū)的綜合發(fā)展與前景開拓提供了便利。