《管理辦法》對(duì)重組中的一些規(guī)定進(jìn)行了解釋。如財(cái)稅[2009]59號(hào)文件第五條規(guī)定，企業(yè)重組同時(shí)符合下列條件的，適用特殊性稅務(wù)處理規(guī)定：1.具有合理的商業(yè)目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。2.被收購、合并或分立部分的資產(chǎn)或股權(quán)比例符合本通知規(guī)定的比例。3.企業(yè)重組后的連續(xù)12個(gè)月內(nèi)不改變重組資產(chǎn)原來的實(shí)質(zhì)性經(jīng)營活動(dòng)。4.重組交易對(duì)價(jià)中涉及股權(quán)支付金額符合本通知規(guī)定比例。5.企業(yè)重組中取得股權(quán)支付的原主要股東，在重組后連續(xù)12個(gè)月內(nèi)，不得轉(zhuǎn)讓所取得的股權(quán)。

　　合并虧損企業(yè)的彌補(bǔ)虧損額擴(kuò)大

　　在企業(yè)合并重組中，如果被合并企業(yè)存在虧損，則可以有條件的限額彌補(bǔ)。財(cái)稅[2009]59號(hào)文件第六條規(guī)定，可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額=被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價(jià)值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率?！豆芾磙k法》第二十六條規(guī)定，《通知》第六條第四項(xiàng)所規(guī)定的可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額，是指按稅法規(guī)定的剩余結(jié)轉(zhuǎn)年限內(nèi)，每年可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額。

　　重組后的企業(yè)可承繼相關(guān)所得稅事項(xiàng)

　　在重組業(yè)務(wù)符合特殊性的稅務(wù)處理中，財(cái)稅[2009]59號(hào)文件第六條第四項(xiàng)規(guī)定，被合并企業(yè)合并前的相關(guān)所得稅事項(xiàng)由合并企業(yè)承繼。第六條第五項(xiàng)規(guī)定，企業(yè)分立，已分立資產(chǎn)相應(yīng)的所得稅事項(xiàng)由分立企業(yè)承繼。財(cái)稅[2009]59號(hào)文件，對(duì)“相關(guān)所得稅事項(xiàng)”所指并不明確。

　　鑒于此，《管理辦法》第二十八條規(guī)定，這些事項(xiàng)包括尚未確認(rèn)的資產(chǎn)損失、分期確認(rèn)收入的處理，以及尚未享受期滿的稅收優(yōu)惠政策承繼處理問題等。其中，對(duì)稅收優(yōu)惠政策承繼處理問題，凡屬于依照《企業(yè)所得稅法》第五十七條規(guī)定中就企業(yè)整體（即全部生產(chǎn)經(jīng)營所得）享受稅收優(yōu)惠過渡政策的，合并或分立后的企業(yè)性質(zhì)及適用稅收優(yōu)惠條件未發(fā)生改變的，可以繼續(xù)享受合并前各企業(yè)或分立前被分立企業(yè)剩余期限的稅收優(yōu)惠。合并前各企業(yè)剩余的稅收優(yōu)惠年限不一致的，合并后企業(yè)每年度的應(yīng)納稅所得額，應(yīng)統(tǒng)一按合并日各企業(yè)合并前企業(yè)資產(chǎn)占合并后企業(yè)總資產(chǎn)的比例進(jìn)行劃分，再分別按相應(yīng)的剩余優(yōu)惠年限計(jì)算應(yīng)納稅額。合并前各企業(yè)或分立前被分立企業(yè)按照稅收優(yōu)惠政策規(guī)定，以及稅收優(yōu)惠過渡政策中就有關(guān)生產(chǎn)經(jīng)營項(xiàng)目所得享受的稅收優(yōu)惠承繼處理問題，按照《實(shí)施條例》第八十九條規(guī)定執(zhí)行。

　　分步實(shí)施重組的可以先預(yù)計(jì)處理

　　財(cái)稅[2009]59號(hào)文件第十條規(guī)定，企業(yè)在重組發(fā)生前后連續(xù)12個(gè)月內(nèi)分步對(duì)其資產(chǎn)、股權(quán)進(jìn)行交易，應(yīng)根據(jù)實(shí)質(zhì)重于形式原則將上述交易作為一項(xiàng)企業(yè)重組交易進(jìn)行處理。如企業(yè)股權(quán)收購中，2009年10月轉(zhuǎn)讓企業(yè)全部股權(quán)的50%，2010年5月轉(zhuǎn)讓30%，時(shí)間相隔不足12個(gè)月合計(jì)轉(zhuǎn)讓80%股權(quán)，可以認(rèn)為符合股權(quán)收購特殊性重組條件之一的“購買的股權(quán)不低于被收購企業(yè)全部股權(quán)的75%”。

　　《管理辦法》第三十二條規(guī)定，若同一項(xiàng)重組業(yè)務(wù)涉及在連續(xù)12個(gè)月內(nèi)分步交易，且跨兩個(gè)納稅年度，當(dāng)事各方在交易完成時(shí)預(yù)計(jì)整個(gè)交易可以符合特殊性稅務(wù)處理?xiàng)l件，可以協(xié)商一致選擇特殊性稅務(wù)處理的，可在交易完成后，適用特殊性稅務(wù)處理。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在審核有關(guān)資料后，符合條件的，可以暫認(rèn)可適用特殊性稅務(wù)處理。第二年再進(jìn)行交易后，應(yīng)按本辦法要求，準(zhǔn)備相關(guān)資料確認(rèn)適用特殊性稅務(wù)處理。上述跨年度分步交易，若當(dāng)事方在首個(gè)納稅年度不能預(yù)計(jì)整個(gè)交易是否符合特殊性稅務(wù)處理?xiàng)l件，應(yīng)適用一般性稅務(wù)處理。在下一納稅年度全部交易完成后，適用特殊性稅務(wù)處理的，可以調(diào)整上一納稅年度的企業(yè)所得稅年度申報(bào)表，涉及多繳稅款的，各主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)退稅，或抵繳當(dāng)年應(yīng)納稅款。

　　12個(gè)月內(nèi)改變重組條件需調(diào)整處理

　　對(duì)于符合特殊性稅務(wù)處理并選擇特殊處理的重組業(yè)務(wù)，如果在規(guī)定的時(shí)間內(nèi)（12個(gè)月內(nèi)）重組中的主要條件發(fā)生變化，如股東變化、實(shí)質(zhì)性經(jīng)營活動(dòng)改變等，導(dǎo)致不再符合原先確定條件的，需要調(diào)整原來的稅收處理方式?！豆芾磙k法》第三十條規(guī)定，當(dāng)事方的其中一方在規(guī)定時(shí)間內(nèi)發(fā)生生產(chǎn)經(jīng)營業(yè)務(wù)、公司性質(zhì)、資產(chǎn)或股權(quán)結(jié)構(gòu)等情況變化，導(dǎo)致重組業(yè)務(wù)不再符合特殊性稅務(wù)處理?xiàng)l件的，發(fā)生變化的當(dāng)事方應(yīng)在情況發(fā)生變化的30天內(nèi)書面通知其他所有當(dāng)事方。主導(dǎo)方在接到通知后30日內(nèi)將有關(guān)變化通知其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。上款所述情況發(fā)生變化后60日內(nèi)，應(yīng)按照一般性稅務(wù)處理的規(guī)定調(diào)整重組業(yè)務(wù)的稅務(wù)處理。原交易各方應(yīng)各自按原交易完成時(shí)資產(chǎn)和負(fù)債的公允價(jià)值計(jì)算重組業(yè)務(wù)的收益或損失，調(diào)整交易完成納稅年度的應(yīng)納稅所得額及相應(yīng)的資產(chǎn)和負(fù)債的計(jì)稅基礎(chǔ)，并向各自主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)調(diào)整交易完成納稅年度的企業(yè)所得稅年度申報(bào)表。逾期不調(diào)整申報(bào)的，按照《稅收征管法》的相關(guān)規(guī)定處理。

　　跨境重組要準(zhǔn)備和報(bào)送相關(guān)資料

　　財(cái)稅[2009]59號(hào)文件第七條規(guī)定，企業(yè)發(fā)生涉及中國境內(nèi)與境外之間（包括港澳臺(tái)地區(qū)）的股權(quán)和資產(chǎn)收購交易，除應(yīng)符合本通知第五條規(guī)定的條件外，還應(yīng)同時(shí)符合下列條件，才可選擇適用特殊性稅務(wù)處理規(guī)定：1.非居民企業(yè)向其100%直接控股的另一非居民企業(yè)轉(zhuǎn)讓其擁有的居民企業(yè)股權(quán)，沒有因此造成以后該項(xiàng)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得預(yù)提稅負(fù)擔(dān)變化，且轉(zhuǎn)讓方非居民企業(yè)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)書面承諾在3年（含3年）內(nèi)不轉(zhuǎn)讓其擁有受讓方非居民企業(yè)的股權(quán)。2.非居民企業(yè)向與其具有100%直接控股關(guān)系的居民企業(yè)轉(zhuǎn)讓其擁有的另一居民企業(yè)股權(quán)。3.居民企業(yè)以其擁有的資產(chǎn)或股權(quán)向其100%直接控股的非居民企業(yè)進(jìn)行投資。4.財(cái)政部、國家稅務(wù)總局核準(zhǔn)的其他情形。

　　《管理辦法》第三十六條規(guī)定，發(fā)生上述第一項(xiàng)、第二項(xiàng)規(guī)定的重組，適用特殊稅務(wù)處理的，應(yīng)按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈非居民企業(yè)所得稅源泉扣繳管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2009]3號(hào)）和《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)非居民企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得企業(yè)所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號(hào)）要求，準(zhǔn)備資料。對(duì)發(fā)生第三項(xiàng)規(guī)定重組的，《管理辦法》也規(guī)定了居民企業(yè)應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送的相關(guān)六種資料。