基本案情
     1.甲公司實(shí)收資本1000萬元，其中：張先生出資600萬元，占60%股權(quán)；李先生出資400萬元，占40%股權(quán)。
     2.甲公司持有A房地產(chǎn)開發(fā)公司（以下稱A公司）80%股權(quán)；持有B水電公司90%股權(quán)；持有C醫(yī)藥公司100%的股權(quán)。甲公司持有A公司80%股權(quán)估值4500萬元。
     3.乙集團(tuán)股份有限公司（以下稱乙公司）實(shí)收資本8500萬元，乙公司100%股權(quán)估值25500萬元。
     4.乙公司持有丙房地產(chǎn)控股公司（以下稱丙公司）100%股權(quán)；持有丁礦業(yè)投資公司（以下稱丁公司）100%的股權(quán)。
     經(jīng)甲公司及其股東、乙公司及其股東、丙公司共同協(xié)商達(dá)成股權(quán)置換協(xié)議：張先生、李先生用間接持有A公司80%的股權(quán)，等值置換乙公司15%[4500/（4500+25500）]的股權(quán)，即，丙公司收購A公司80%的股權(quán)，張先生、李先生分別取得乙公司9%、6%的股權(quán)，乙公司分別確認(rèn)張先生股本900萬元（8500/85%×15%×60%）、李先生股本600萬元（8500/85%×15%×40%）。 
     其他資料：
     （1）甲公司持有A公司80%股權(quán)的計(jì)稅成本為3000萬元。
     （2）A公司和乙公司的股權(quán)估值均以2014年12月31日為基準(zhǔn)日的評估數(shù)確定。
     （3）2014年12月31日，甲公司欠股東借款10000萬元，其中向張先生借款6000萬元；向李先生借款4000萬元。
     （4）B公司、C公司、丙公司、丁公司業(yè)績穩(wěn)定，前景看好，張先生、李先生準(zhǔn)備長期持有甲公司、乙公司股權(quán)，以獲得穩(wěn)定的投資回報(bào)。 
     為便于直觀地反映上述股權(quán)置換交易，現(xiàn)將股權(quán)置換前后甲公司、乙公司組織架構(gòu)圖繪制如下：
     置換前：

   置換后：

問題焦點(diǎn)
     1.工商問題
    為辦理股權(quán)過戶登記，甲、乙、丙、A四家公司分別向主管工商部門咨詢，答復(fù)口徑一致，內(nèi)容如下：由于是丙公司收購甲公司持有A公司80%的股權(quán)，因此，對價(jià)只能由丙公司支付，而不能由乙公司支付，而且丙公司只能將對價(jià)支付給甲公司，而不能直接支付給張先生、李先生。結(jié)論是：該項(xiàng)股權(quán)置換協(xié)議不具有合同性質(zhì)，工商部門無法辦理股權(quán)變更登記。 
    2.稅務(wù)問題
     為防范納稅風(fēng)險(xiǎn)，甲、乙、丙、A四家公司分別向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)了解本次股權(quán)置換交易相關(guān)法律主體的稅收義務(wù)，稅務(wù)部門回復(fù)口徑不一，有以下幾種觀點(diǎn)：
     觀點(diǎn)一：該重組實(shí)質(zhì)不是張先生、李先生轉(zhuǎn)讓甲公司股權(quán)，而是甲公司向丙公司轉(zhuǎn)讓其持有A公司80%的股權(quán)，甲公司應(yīng)確認(rèn)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得=4500-3000=1500萬元；丙公司取得A公司80%股權(quán)的計(jì)稅成本為4500萬元。張先生、李先生不征個人所得稅。張先生、李先生取得乙公司9%、6%股權(quán)的計(jì)稅成本分別為2700萬元（4500×60%）、1800萬元（4500×40%）。 
     觀點(diǎn)二：該重組實(shí)質(zhì)不是甲公司轉(zhuǎn)讓A公司股權(quán)，而是張先生、李先生轉(zhuǎn)讓其持有的甲公司部分股權(quán)，應(yīng)首先按照“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”計(jì)征個人所得稅，因甲公司股本不變，故允許扣除的成本為零，張先生應(yīng)納個人所得稅=（4500×60%-0）×20%=540萬元；李先生應(yīng)納個人所得稅=（4500×40%-0）×20%=360萬元。張先生、李先生繳納個人所得稅后，持有乙公司股權(quán)的計(jì)稅成本分別為2700萬元、1800萬元。丙公司持有A公司80%股權(quán)的計(jì)稅成本為4500萬元。 
     觀點(diǎn)三：該重組實(shí)質(zhì)不是甲公司轉(zhuǎn)讓A公司股權(quán)，應(yīng)是張先生、李先生轉(zhuǎn)讓了A公司80%的股權(quán)，丙公司持有A公司80%股權(quán)的計(jì)稅成本為4500萬元。張先生、李先生按“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”征收個人所得稅，允許扣除的計(jì)稅成本按照甲公司持有A公司80%股權(quán)計(jì)稅成本3000萬元，依據(jù)甲公司股權(quán)比例進(jìn)行分配，張先生應(yīng)納個人所得稅=（4500-3000）×60%×20%=180萬元；李先生應(yīng)納個人所得稅=（4500-3000）×40%×20%=120萬元。張先生、李先生繳納個人所得稅后，持有乙公司股權(quán)的計(jì)稅成本分別為2700萬元、1800萬元。
     觀點(diǎn)四：甲公司、張先生、李先生均未發(fā)生股權(quán)轉(zhuǎn)讓業(yè)務(wù)，不征所得稅，相應(yīng)地，丙公司取得A公司80%股權(quán)的計(jì)稅成本為零，張先生、李先生因取得乙公司股權(quán)未支付對價(jià)，故投資計(jì)稅成本亦為零。 
     鑒于稅務(wù)機(jī)關(guān)內(nèi)部理解不一，加之工商部門回復(fù)不予辦理股東變更登記，股權(quán)置換交易一時(shí)無法推進(jìn)。企業(yè)“一頭霧水”：股權(quán)置換協(xié)議既然是按公允價(jià)等值交換，并且是雙方真實(shí)意思的表示，為什么不具有合同性質(zhì)？難道置換協(xié)議不受法律保護(hù)嗎？工商變更登記辦不了，難道稅法也無據(jù)可依？